2017年8月11日至9月11日，中央第八環境保護督察組對新疆維吾爾自治區（含新疆生產建設兵團）開展環境保護督察，當地高度重視，嚴肅查處群眾舉報環境案件并向社會公開，截至2017年10月31日，督察組轉辦的2905件群眾舉報案件已基本辦結，共責令整改2182家，立案處罰548家，罰款6820萬元，立案偵查1件，拘留25人，約談163人，問責1613人。
督察組指出，新疆環保工作雖然取得積極進展，但近年來經濟發展過度依賴能源資源開發，局部環境污染和生態破壞問題較為突出，存在的主要問題有：
一是思想認識有待提高，工作落實不夠到位，一些干部重發展、輕保護的觀念沒有轉變，認為新疆經濟欠發達，依托煤炭、石油、礦產等資源優勢加快開發建設是大方向，過于強調環保不太現實，同時，一些落后產能沒有按期淘汰，在落實大氣和水污染防治行動中存在放寬要求、放松標準的情況。
二是局部區域大氣和水環境問題突出，烏魯木齊市、昌吉市、阜康市可吸入顆粒物平均濃度較2014年同期大幅上升，克拉瑪依市艾里克湖、巴音郭楞蒙古自治州博斯騰湖、烏魯木齊市柴窩堡湖問題較多。
三是有的地方存在損害生態環境的問題，個別企業在艾比湖保護區開挖溝渠，捕撈鹵蟲，破壞生態；礦山環境恢復治理滯后，全疆已關閉的小煤礦、砂石粘土礦等破壞面積達2165平方公里，目前僅完成治理面積3．77％；吐魯番市艾維爾溝、昌吉回族自治州硫磺溝等地濫采濫挖問題突出；對地下水禁采、限采要求落實不力。
四是一些突出環境問題沒有得到徹底解決，烏魯木齊米東化工工業園區19家鋼鐵鑄造企業，11家無環保手續、4家無污染治理設施。昌吉回族自治州呼圖壁縣天山工業園區至今未按要求建成污水處理廠。烏魯木齊市在烏拉泊飲用水源地建設污水處理廠并設置排污口，對水源安全帶來嚴重威脅。
督察組同時指出，新疆生產建設兵團有些師市環境保護主體責任落實不夠到位，管理機制尚不健全，局部地區生態環境問題較為突出，部分區域污染治理工作不夠有力，石河子市近年來陸續建成一大批能源化工企業，城中村大量供暖小鍋爐冬季污染問題突出；五家渠市近年來火電裝機、電解鋁產能增長較快，煤炭消耗量持續增長；4個省級自然保護區違法違規建設開發問題較多；一些棉漿粕及粘膠纖維企業未按要求開展納污庫無害化治理工作等突出環境問題長期沒有得到解決。
督察組要求，新疆維吾爾自治區和新疆生產建設兵團要牢固樹立綠色發展理念，強化環境保護黨政同責和一崗雙責，狠抓生態文明建設和環境保護不放松。加強兵地環境保護統籌協調，著力解決突出環境問題。對督察中發現的問題進一步深入調查，逐一厘清責任，按有關規定嚴肅問責。
督察組強調，新疆維吾爾自治區和新疆生產建設兵團應根據《環境保護督察方案（試行）》要求，分別研究制定整改方案，在30個工作日內報送國務院。整改方案和整改落實情況要按照有關規定及時向社會公開。
