進入土壤中的有機污染物有天然有機污染物和人工合成有機污染物兩種，前者主要是在自然條件下發生化學反應或生物代謝過程中產生的，后者主要是由于人類的生產和生活活動產生的。隨著工業的迅速發展，產生大量的有機工業廢水，這些廢水直接或間接地對水體周圍的土壤造成污染。生活中洗滌劑的使用以及農業生產活動中有機農藥、地膜等使用，使有機污染物殘留在土壤中，造成土壤有機物污染。有機污染物會對生態環境產生有害影響，不僅影響農作物的生長和發育，降低作物品質和產量;同時，有機物能夠通過植物進行富集，并通過食物鏈的作用進入人體，嚴重威脅人類健康。
1、腐植酸對土壤中有機污染物的吸附沉淀作用
腐植酸主要是通過物理吸附、分配、氫鍵、共價鍵等途徑與有機污染物結合，降低有毒有機污染物在土壤中的生物有效性。腐植酸具有表面活性劑增溶作用，使有機物從土壤中洗脫出來，然后把淋洗液抽到地表做進一步處理，降低有機物在土壤中的含量。腐植酸與土壤膠粒形成的有機 - 無機復合膠體，進一步增強對有機物的吸附。腐植酸對離子的吸附性能，能夠使有機物的陽離子緊緊吸附在腐植酸分子周圍，減少了土壤中有機污染物的遷移。
腐植酸分子量的大小直接影響對有機污染物的吸附有效果。隨著腐植酸分子量的增大，對疏水性有機物的吸附增強;在腐植酸結構中，脂肪結構的增加，促進腐植酸對疏水性物質的吸附，芳香結構的增加，減弱腐植酸對疏水性物質的吸附，其極性強弱可能是控制疏水性有機物吸附的一個重要參數。與此同時，腐植酸類物質能夠很好地固定、沉淀有機污染物，這種作用在水體中更為顯著，能夠很好地減輕有機污染物造成的水體污染。
2、腐植酸對土壤中有機污染物氧化還原作用
腐植酸含有多種功能基團，其中一些功能基團有可逆性的氧化還原和離子交換功能，可以降低土壤中有機物的含量，其機理主要有以下兩種方式：
(1) 腐植酸能夠將電子從還原態的化合物轉移到芳香族化合物等有毒有機污染物上，將這些有機污染物降解，這個過程中腐植酸僅起到電子轉遞體的作用。李蘭生等研究表明，腐植酸類物質對六六六降解有促進作用，其原因是腐植酸類物質促進了水中激發氧和˙OH生成，氧化了有機物，降解產物主要是醇類和酚。
(2)腐植酸接受有毒有機污染物提供的電子，將這些有機污染物氧化，這個過程中腐植酸作為電子受體，該方式能夠支持菌體的生長，形成一種新型的細菌厭氧呼吸方式—腐植酸類物質呼吸。有關研究表明，發揮腐植酸類物質呼吸作用的成分主要是腐植酸中醌類成分，在氧化降解有機物過程中起到最終電子受體的作用。
3、腐植酸促進土壤微生物對有機物的降解腐植酸是一種有機物質，可以為土壤中的微生物提供營養物質。腐植酸能夠改良土壤結構，減少土壤容重，增加土壤空隙度和通透性，調節土壤pH值，降低土壤中的鹽分，從而為微生物提供一個非常好的生存環境，使微生物大量繁殖，促進微生物對土壤中有機物的降解。同時，腐植酸能夠提高氧化酶的活性，加快對有機污染物的降解速度。
